Допустимы все три варианта. Они отражают разную интонацию при произнесении.
Верно с дефисом.
Правильно так:
Он сказал: "Вы дурак!"
Тире не ставится, так как подлежащее (ты) выражено местоимением.
А я, дурак, поверил.
Это разные лексемы: их основы различаются суффиксами, у каждой из них свой набор словоформ (падежно-числовых форм), они различаются оттенками лексического значения.
Запятые стоят верно.
Двоякое восприятие вполне возможно. Хотя структура предложений располагает к Вашему варианту прочтения.
Форма дураков верна. Слова в словарях даются по начальной форме; для существительных это форма именительного падежа единственного числа.